偷税罪从本质上说具有“双重违法性”，即同时违反了税收行政法规和刑法法规，因此，从法理上讲，偷税罪的行为人（自然人或单位）必须同时承担“双重责任”，也即必须承担行政责任和刑事责任，也就必须同时接受行政处罚和刑罚。这样就出现了行政处罚与刑罚的适用衔接问题。
（一）行政处罚与刑罚处罚在实体法上的衔接问题
行政处罚与刑罚处罚是分别针对不同的违法者所采取的两种性质互异的制裁措施，违反行政法者应受行政制裁，违反刑法者应受刑事制裁。对偷税罪的行政处罚与刑罚的适用衔接问题，在当前刑法及行政法理论界中普遍认为，应当适用合并适用的原则，即当同一税收违法行为既违反行政法规范又触犯刑律而发生行政处罚与刑罚处罚的并合时，原则上应该予以合并适用（即既要追究其刑事责任，给予刑罚处罚，又要追究其行政法律责任，适用行政处罚）。只有这样，才能全面追究犯罪分子的法律责任，有效地打击犯罪和预防犯罪。比如，对偷税、抗税的犯罪人，仅予以刑罚处罚并不能挽回犯罪人给国家造成的损失及其应履行的法定义务，还必须由有关行政机关责令其补缴税款，或停止其发票的供应及使用等。
但应该指出的是，行政处罚与刑罚处罚应当合并适用与实际上是否合并适用不可混同。由于实际情况复杂，有时会出现某些不能合并或者无须合并适用的情况，如人民法院已判处罚金后，税务机关就不能再处罚款；税务机关罚款后，量刑时可折抵罚金。因此，行政处罚与刑罚处罚的合并适用只是一般原则，在具体对偷税罪合并适用时应视不同情况采用不同的方法予以衔接。在税务执法工作实践中，主要有以下几种主要情况：法人或其他组织有税收违法犯罪行为的，如果人民法院依法追究了单位的刑事责任和直接责任人员的刑事责任，税务机关还可对该法人或其他组织依法适用税务行政处罚，主要是指能力罚如停售发票和责令限期改正税收违法行为等。某些犯罪情节轻微，法律规定可以免予刑事处分的，根据全国人大的相关规定，人民法院免刑后，税务机关应依法给予犯罪者以相应的行政处罚。
（二）行政处罚与刑罚处罚在程序上的衔接问题
对偷税罪的行政处罚与刑罚处罚应该分别由税务机关和司法机关按行政处罚程序与刑事诉讼程序予以适用，这就会出现行政处罚程序与刑事诉讼程序的交叉牵连状况，就需要将二种程序有机地协调、统一起来，以避免程序上冲突和由此产生实体法上的错误，从而影响处罚功能的有效发挥，使违法行为人得不到应有的制裁或其合法权益受到损害。
1、偷税刑事案件的移送规定
在行政处罚与刑罚处罚并合的情况下，在适用程序上应遵循刑事优先原则。即原则上应先由司法机关按刑事诉讼程序解决行为人的刑事责任问题，再由税务机关依行政处罚程序解决行为人的行政处罚责任。税务机关在查处税务行政违法活动过程中，认为行为人的行为已经构成犯罪或者可能构成犯罪的，应及时主动地将案件移送有管辖权的司法机关先行处理，受移送的司法机关应依法及时、积极地立案、侦查和处理。司法机关对税务机关正在查处的税务行政违法案件，可以主动介入和监督检查，认为行为人的行为已构成犯罪或者可能构成犯罪的，应该有权要求税务机关移送案件作为刑事案件予以立案，有关税务机关应该立即移交，并予积极协助，以避免税务机关与司法机关在行为人是否构成犯罪的问题上看法分歧而影响案件的及时查处。在移送案件时，税务机关应将全部案卷材料、证据及赃物的清单、照片等一并移交给司法机关，对赃物除不易长期保存的可依法处理外，应当就地封存，妥善保管，以便司法机关查核。
2、具体适用程序的衔接关系问题：
在税收执法实践过程中，税务行政处罚程序一般会发生在刑事诉讼程序之先，这在现实中主要有三种情况：一是税务机关无法判断违法行为是否构成犯罪但又需要及时对行为人予以税务行政处罚，而先行适用了行政处罚。对于这种情况，税务机关如果发现该行为已构成犯罪，应立即移送有管辖权的司法机关立案再处理。二是税务机关定性错误，将税务行政犯罪案件作为税务行政违法案件而对行为人先行适用了行政处罚。这种情况主要是因税务机关主观认识上的偏差所导致的，税务机关往往不会主动移送司法机关立案。但违法行为是否构成犯罪只能由司法机关依法以刑事诉讼程序才能最终认定，所以司法机关一旦发现税务机关定性确系错误，虽予以行政处罚还须追究行为人的刑事责任时，有权要求税务机关将案件移送作为刑事案件予以立案或自行决定立案再处理。三是税务机关明知违法行为构成犯罪而故意作为一般税务行政违法行为对行为人先行适用了行政处罚（即通常所说的以罚代刑问题）。对于这种情况，由于是税务机关故意不移交司法机关立案而造成的，按照国务院《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，对此种情况，应责令税务机关将案件移送司法机关或可以由司法机关自行决定立案再处理，对不移送案件的税务机关主管人员和直接责任人员，可建议监察部门或上级税务机关予以行政处分，对于其中构成犯罪的，还可依法追究其刑事责任，以杜绝此类现象，保证税务机关严格履行将在查处税收违法活动中发现的犯罪案件及时移送司法机关的义务。
3、司法机关查处偷税案件后的处理。
司法机关对税务机关移送的偷税案件，或直接受理的偷税案件进行查处之后，可分别不同情况作出如下处罚：
①行为人构成偷税罪并已予刑罚处罚的，除了税务机关通过税务行政处罚程序予以处罚以外，可建议有关行政机关作出相关的行政处罚。对这种情形除司法机关追究刑事责任和税务机关追缴税款以外，还需要剥夺其可能借以继续从事该违法犯罪活动的有关条件，如可建议工商行政管理机关予以吊销许可证或执照等行政处罚。
②行为人虽构成偷税罪，但依法被免除刑罚处罚的，司法机关应将犯罪性质和处理结果向有关行政机关通报，以便由行政机关根据情况依法对行为人予以行政处罚。
③行为人的行为不构成偷税罪，但违反了税务行政法律法规的，应立即转交有管辖权的税务机关，由有管辖权的税务机关依法予以行政处罚。
④司法机关对税务机关移送的偷税案件，认为行为人的行为不构成偷税罪，应及时向先前移送案件的税务机关转达意见，供税务机关参考。