罪与非罪界限
首先，要注意区分偷税与漏税。漏税是指纳税人（包括扣缴义务人）并非故意，没有依照税法规定缴纳或者足额缴纳税款的行为，是一种一般税务违法行为，应由税务机关责令其补缴漏缴的税款，并加收滞纳金；偷税则是一种故意行为，行为人目的明确。从性质上看，偷税性质要比漏税严重得多，偷税情节严重，符合规定的偷税罪的条件的，应当由司法机关依法追究刑事责任。
其次，要注意区分偷税与避税。所谓避税，是指采用合法手段减轻或者不履行纳税义务的行为。广义的逃税包括偷税与避税。偷税与避税虽然都是减少或者不履行纳税义务的行为，但二者之间有着本质的不同：避税是在纳税义务发生前采取各种合乎法律规定的方法，有意减轻或者免除税收负担的行为，大多数情况下是符合立法意图的，如利用经济特区的税收优惠政策在经济特区投资，有些则是钻税法不够完善的空子；偷税是发生纳税义务后，采用非法的手段减少或者不履行纳税义务，在任何情沉下，偷税都是国家法律所不允许的。对于钻法律空子的避税，只能通过不断完善税收法律的方法来防止，对于偷税、依法追究刑事责任，加强打击、是减少偷税犯罪的重要手段。
再次，要注意区分一般偷税行为与偷税犯罪。本条明确规定了偷税犯罪的定罪标准，这是区分一般偷税行为与偷税犯罪的标准，必须严格执行。本条对单位偷税犯罪与个人偷税犯罪的定罪数额标准没有作分别的、不同的规定，主要是因为规定了偷税的比例和偷税数额的双重标准。因此，和其他单位犯罪数额标准一般高于个人犯罪数额标准不同，单位偷税犯罪与个人偷税犯罪的定罪数额标准是一致的。
与走私罪界限
由于偷税罪中的逃避应纳税款的行为与走私罪中的偷逃关税的行为具有某些相似之处，因此，二者在某些情况下容易混淆。两罪的主要区别是：
1、偷税罪侵犯的直接客体是国家税收管理制度，而走私罪所侵犯的直接客体则是国家对外贸易管理制度。
2、偷税罪违反的是税收法规，而走私罪违反的则是海关法规。
3、偷税罪的主体是纳税人，包括负有纳税义务的公民个人、负有纳税义务的企业、事业单位以及企业、事业单位中对纳税负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员，而走私罪的主体则是达到刑事责任年龄、具有刑事责仟能力、实施走私犯罪行为的自然人以及法人。
犯罪主体问题
《刑法》第30条规定：“公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会的行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任。” 《刑法》第31条规定：“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。” 根据《刑法》的规定偷税罪的犯罪主体为特殊主体，纳税人或扣缴义务人才可构成（税务人员作为此类犯罪的共犯除外）。在实际处理过程中，一般对单位判处罚金没有异议，但因偷税罪的特殊性，主要涉及到单位的财务处理问题，特别是企业法人代表及财务人员的责任划分问题。按照以上两条刑法规定，单位犯偷税罪，财务人员作为直接责任人员需要承担刑事责任，但对单位的负责人是否需要承担刑事责任本法未作明文规定，特别是对于单位的负责人不知情或对税收法律法规规定不熟悉的情况下，单位的负责人是否还应承担刑事责任存在争议。对此种情况，根据《会计法》第四条规定：“单位负责人对本单位的会计工作和会计资料的真实性、完整性负责。”这就明确规定了单位负责人的法律责任问题，单位负责人作为直接负责的主管人员应当承担刑事责任。
主观故意问题
根据刑法第14条规定：“明知自己的行为会发生危害社会的结果，并且希望或者放任这种结果发生，因而构成犯罪的，是故意犯罪。故意犯罪的，应当负刑事责任”。根据刑法第15条规定：“应当预见自己的行为可能发生危害社会的结果，因为疏忽大意而没有预见，或者已经预见而轻信能够避免，以致发生这种结果的，是过失犯罪。过失犯罪，法律有规定的才负刑事责任”。刑法在对偷税罪的相关条款规定中，没有作出过失犯罪的特别规定，因此只有故意才能构成偷税罪。在现行税务行政执法案件中，由于《税收征收管理法》对“漏税”的情况在法律责任这一章中未作规定，同时《税收征收管理法》及《刑法》对“纳税申报不实”偷税的规定过于含糊，导致在实际执法中对偷税行为的认定和处理较多考虑的是其客观方面的情况，如补缴税款的数额和不缴、少缴税款的手段等，对于是否具有偷税的主观故意一般较少作出判断。实际上，由于财务会计核算方式与税法会计规定的差异，很多情况下的补缴税款是因会计处理方式不当造成的，同时由于经济活动千差万别，会计水平及素质客观上也存在差异，纳税人及扣缴义务人对税收政策了解及熟练程度等，都有可能造成纳税申报与税收政策规定不一致的情况，这些情况都是典型的非故意情况。但是按照现行法律规定，这些情况全部都可归入“纳税申报不实”的情形中，按偷税处理。这也是造成当前偷税案件量多面广的重要因素之一。因此对《刑法》及《税收征收管理法》相关规定作出符合客观实际情况的明确解释，对客观存在的“漏税”行为作出规定，明确界定偷税的范围及处理办法，是解决当前《刑法》偷税罪起刑点过低，偷税罪打击面过大的根本之途。
与违法的区分
按照刑法第201条、征管法第63条和《最高人民法院关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》规定，可从两个方面加以界定，其一，从偷税额看，凡偷税不足应纳税额10%的，或者偷税额总数不足1万元的都属于一般偷税违法行为，只有偷税额占应纳额10%以上且偷税额在1万元以上的，构成偷税罪。其二，凡二年内因偷税被税务机关予以二次行政处罚后又偷税达一万元的构成偷税罪，而两年内因偷税而被处二次以下行政处罚或虽经二次税务行政处罚但再未偷税的、二次处罚后又偷税且偷税额在一万元以下的，是一般税收违法行为。
另外，根据《最高人民法院关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第一条第三款规定：“实施本条第一款、第二款规定的行为，偷税数额在五万元以下，纳税人或者扣缴义务人在公安机关立案侦查以前已经足额补缴应纳税款和滞纳金，犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚。”实际上将对偷税罪的定罪处罚的范围放宽到了五万元以上。根据刑法第37条规定，“对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分。”从以上规定可以看出，在税务行政执法的实际操作中，对于税务机关查处的偷税数额在五万元以下的案件，纳税人或扣缴义务人不管是在税务机关查处后补缴税款或滞纳金，还是在税务机关查处前补缴税款或滞纳金（即通常所说的自查补报），只要是在公安机关立案侦查前，就可以免予刑事处罚。这一规定显然考虑了刑法规定的偷税罪起刑点过低，挤压了税务行政执法的空间，社会打击面过大的客观情况，事实上抬高了刑法第201条规定的偷税罪的起刑点，同时较好地体现了对涉税犯罪行为的打击。
（六）与徇私舞弊不征、少征税款罪的区别
根据刑法第404条的规定，徇私舞弊不征、少征税款罪是指税务机关的工作人员徇私舞弊，不征或少征应征税款，致使国家税收遭受重大损失的行为。一般而言，偷税罪与徇私舞弊不征、少征税款罪在犯罪主体、犯罪的客体表现、犯罪的主观方面等内容上，都有着很大的区别。但当出现偷税罪的共犯时，则有可能造成相互混淆的现象，对此必须加以澄清。税务机关的工作人员，如果与偷税人相互勾结，故意不履行其依法征税的职责，不征或少征应征税款的，应该将其作为偷税罪的共犯来论处。但如果行为人知道了某人在偷税，出于某种私利，而佯装不知，对偷税犯罪行为采取放任的态度，并因此不征或少征应征税款，致使国家税收遭受重大损失的，只能认定构成徇私舞弊不征、少征税款罪。