1、背叛国家罪与其他危害国家安全罪的界限。并非所有危害国家主权、领土完整和安全的行为都构成本罪，有些犯罪行为在客观上可能危害了国家主权、领土完整和安全，如投敌叛变行为，为境外组织、机构、人员窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密、情报的行为,资助危害国家安全犯罪活动行为等，但是，行为人在主观上不具有危害国家主权、领土完整和安全的目的，则不构成本罪，而应当按照刑法典的有关规定定罪处罚。
2、背叛国家罪既遂与未遂的界限。本罪是行为犯，行为人只要着手实施勾结外国，危害中华人民共和国的主权、领土完整和安全的行为就成立本罪的既遂，而不论是暗中策划、秘密接触的预谋行为，还是将计划予以实施的实行行为。
3、背叛国家罪一罪与数罪的界限。行为人在勾结外国，危害中华人民共和国的主权、领土完整和安全的过程中，又实施了其他犯罪的，如投敌叛变，颠覆国家政权等，应按照处理牵连犯原则择一重罪论处。