（一）本罪与颠覆国家政权罪的界限
这两个罪的行为方式是相同的，都包含组织，策划，实施的行为，但它们的直接客体是不同的，本罪侵犯的是国家的统一，后罪侵犯的是人民民主专政的政权和社会主义制度。另外，它们的主观方面也是不同的，本罪的目的是分裂统一的多民族国家，后罪的目的是颠覆人民民主专政和推翻社会主义制度。分裂国家的行为与颠覆政权的行为是不尽相同的，国家被分裂，但政权依然存在的现象，是屡见不鲜的。反过来说，政权被颠覆了而国家没有分裂的现象也是屡见不鲜的。
（二）本罪与背叛国家罪的界限
背叛国家罪危害的是国家的主权，领土完整和安全，这一客体的涉及面远比本罪的客体广泛得多。本罪侵犯的是国家的统一，国家主权和安全没有落入外国人之手，因而与勾结外国，使国家主权和安全落人外国之手的背叛国家罪是不同的。但是国家统一这个概念，并不完全等于领土完整。国家没有统一，也可能领土完整;国家统一了，也可能领土不完整。因为国家统一是对内而言的，领土完整是对外而言的。另外在客观行为方面，两罪也是不同的。本罪不以勾结外国为要件，后罪则正好相反。总之，本罪与后罪的关系是内乱与外患的关系。